AI4S类应用

异构加速应用与AI4S应用适配情况：

应用名称	使用方式	应用类型
VASP	slurm	物理化学材料
Lammps	slurm	物理化学材料
Gromacs	slurm	物理化学材料
Amber	slurm	物理化学材料
AlphaFold3	slurm	AI4S 蛋白结构预测
DeepMD	slurm	AI4S分子动力学
GPUMD	slurm	AI4S分子动力学
Fluent	slurm	工业仿真
StarCCM+	slurm	工业仿真

一、获取应用（以vasp为例）

使用软件之前需要先安装对应的环境，现提供两个获取软件环境的方式，方式一是上传安装包以后联系技术支持进行安装，方式二是从应用商城获取，以下将详细介绍如何从应用商城获取应用。

1.1 查找应用软件

a. 点击首页的应用商城，通过搜索框，输入关键词检索应用软件。 b. 点击商品卡片查看科学计算软件商品详情（以vasp软件为例），可查看商品规格参数、商品说明，用户手册、客户案例以及商品评价等信息。

1.2 获取软件

a. 选择对应的版本和资源，点击立即使用，等待软件配置完成即可

二、命令行(E-shell)提交作业

本章主要介绍如何使用命令行(E-shell)提交作业。

注：提交作业前需要保证账号已有用户软件，可以上传安装包安装、加载或从商城获取软件。

2.1 上传输入文件

可以使用平台的文件管理进行上传，具体操作如下：
打开控制台>文件管理，参考如下图：

2.2 编写提交作业脚本

商城应用会在安装路径下的case文件夹放置脚本，若为手动安装需编写脚本如下：

#!/bin/bash
#SBATCH -J VASP-DTK #作业名
#SBATCH -N 1 #申请节点数量
#SBATCH --ntasks-per-node=4 #申请核心
#SBATCH -c 16 #申请线程数
#SBATCH --gres=dcu:4 #申请卡数
#SBATCH -p hxhdtest #使用队列

#加载环境
module use /public/software/modules/base/
module use /opt/hpc/software/modules
module use /public/software/sghpc_sdk/modulefiles

module purge
ulimit -s unlimited
ulimit -l unlimited
export NCCL_IB_HCA="shca_0"
export HSA_FORCE_FINE_GRAIN_PCIE=1
export I_MPI_DEBUG=5
module load compiler/intel/2021.3.0
module load mpi/intelmpi/2021.14.0
module load compiler/dtk/25.04.1
export NCCL_IB_HCA="shca_0"
export HSA_FORCE_FINE_GRAIN_PCIE=1

export I_MPI_FABRICS=shm:ofi
export UCX_NET_DEVICES=shca_0:1,shca_1:1,shca_2:1,shca_3:1
export UCX_TLS=shm,self,rc

export FI_MPI_FABRICS=shm:ofi
export FI_PROVIDER=ucx
export FI_UCX_DEVICES=shca_0:1,shca_1:1,shca_2:1,shca_3:1

export I_MPI_PMI_LIBRARY=/opt/gridview/slurm-3.1.0/lib/libpmi.so.0.0.0
export OMP_NUM_THREADS=6

#软件路径，已实际安装路径为准#
export PATH=/public/home/jsyadmin/L4/mabing/VASP-6.4.2-intelmpi2021_dtk2504/app/bin:$PATH
 
#运行命令
mpirun vasp_std

2.3 提交作业

1. 进入输入文件和slurm脚本所在文件夹，文件夹内包含输入文件和对应已经脚本，见下图（截图以vasp软件为例，其他软件上传对应输入文件即可）
   
   
2. 使用命令sbatch slurm脚本名提交作业。

sbatch vasp.slurm  #脚本名可以换成自己的脚本名

作业提交后会出现对应的作业号（下图数字），具体见下图： 3. 查看作业运行状态 使用命令squeue查看作业运行状态。

squeue

4. 取消作业 先通过squeue查看JOBID，如上图JOBID为27532270，使用命令scancel JOBID取消作业。

scancel 27532270 #取消作业

再次查看作业已经取消。