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从NCBI下载SRA测序数据流程

下载前须知:这个无需代理,只能在登录节点下载,(下面以下载SRR18163493数据为例,网址https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/SRR18163493

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1、下载sratoolkit

第一步:下载sratoolkit
命令:wget https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/3.0.7/sratoolkit.3.0.7-centos_linux64.tar.gz
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第二步:解压sratoolkit的tar包
命令:tar -zxvf sratoolkit.3.0.7-centos_linux64.tar.gz
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2、从NCBI下载数据

第一步:找到执行程序
命令:cd sratoolkit.3.0.7-centos_linux64/bin/
第二步:下载
命令:./fasterq-dump SRR18163493 --progress --fasta-unsorted

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