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编者按
今年是“十五五”规划的开局之年，算力网纳入国家“六张网”，全国一体化算力网建设全面提速，为前沿应用和科学研究筑牢算力根基。国家超算互联作为全国一体化算力网代表性实践，以国产普惠算力赋能科研创新，驱动科研成果高效产出。在此，我们推出「万卡」实践库专栏，聚焦 AI、HPC、AI4S 等前沿领域的实践经验，沉淀算力适配、性能调优及行业应用案例。
本月「万卡」实践库带来三篇最佳实践，涵盖SymTopo+DFT 材料计算、SPONGE分子动力学模拟、OpenCode 镜像应用三大主题。
本篇以经典模型体系丙氨酸二肽为研究对象，基于北京大学自研 SPONGE 分子动力学引擎，完成源码编译、NPT 短程模拟与轨迹后处理全流程实操，为科研人员快速上手分子动力学模拟提供标准化实践范本。
更多最佳实践陆续更新，敬请关注！
文 | 西湖大学助理研究员 夏义杰
分子动力学模拟是研究分子体系微观运动行为的重要方法。通过数值积分原子间相互作用产生的运动方程，可以获得分子在一定时间内的结构变化轨迹，从而观察分子的构象变化、热运动特征以及局部结构波动。对于生物分子体系而言，分子动力学模拟不仅能够补充实验观测中难以直接获得的动态信息，也为理解分子结构稳定性和构象变化提供了直观工具。
丙氨酸二肽是分子模拟中常用的模型体系。由于其结构简单、原子数较少，同时又包含典型的肽键和主链二面角，因此常被用于演示和测试分子动力学模拟流程。通过对丙氨酸二肽进行短时间模拟，可以观察其在溶液或真空环境中的分子运动，并进一步分析结构随时间的偏移和不同原子的柔性差异。
本次实践将基于超算互联网环境，完成SPONGE2 源码编译，并对丙氨酸二肽体系进行分子动力学模拟。实践重点不以获得充分采样的生产模拟结果为目的，而是完整走通“源码获取、环境配置、编译安装、能量最小化、NPT 短程模拟、RMSD/RMSF 后处理”的全流程。
我们提供详细的分步实操文档，方便大家在超算互联网平台快速上手复现。
点击下方链接，访问使用教程文档：
https://www.scnet.cn/help/docs/mainsite/hpc/software-examples/practice/sponge/
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