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OpenFoam-com
本文主要介绍如何在超算互联网商城使用OpenFOAM-com软件。
在商城首页输入软件名搜索软件,点击需要使用的软件卡片进入软件商品界面,选择软件版本以及资源配置区域,阅读并同意《服务协议》,点击“立即使用”等待配置完成可以使用该软件;已经使用过的软件会在规格的右上角有一个绿色的“已使用”标识,点击“去使用”可直接使用该软件。
已经使用过的软件亦可以选择其他可用区域开通软件,或点击“已开通”后面的提交作业方式直接使用。
点击“命令行”图标后进入eshell界面,从商城的“命令行”进入终端,终端会显示商品自带的软件应用版本、环境变量和启动路径信息。由启动路径可以得到软件部署的位置。(注:实际使用中请根据下方红框内提供的算例示例进入对应路径。)
本产品软件安装目录为 $HOME/apprepo/openfoam/v1812-intelmpi2021,包含app(除快速安装软件外)、case、install.log、scripts四个子目录,其中app包含应用软件主体和依赖库;case包含相关运行算例、作业日志、作业提交脚本等信息;install.log为OpenFOAM安装日志,scripts为软件环境变量。目录结构如下:
.
├── app # 应用软件主体和依赖库
│ ├── . . .
├── case # 可运行算例、脚本
│ ├── OpenFOAM.slurm # slurm脚本文件
│ ├── slurm-jobid.out # 运行日志
│ └── . . .
├── install.log # OpenFOAM安装日志
└── scripts # 应用环境变量
├── env.sh
└── openfoam-v1812-intelmpi2021
资源调用逻辑如下:用户在登录节点执行脚本,脚本将自动申请计算资源,并在该计算资源上运行计算指令,并将计算结果实时同步到当前目录下。
我们已经为您提供完整的使用脚本:
(1)执行cd ~/apprepo/openfoam/v1812-intelmpi20211进入软件部署目录,在目录下的case文件夹中有软件对应的提交脚本。
(2)输入whichpartition可以查询可用队列,复制选中合适的队列名称,这里选择了“kshcnormal”,并打开脚本openfoam.slurm进行脚本文件的修改。
(3)替换脚本openfoam.slurm中的队列名称为复制好的队列名称,并根据自己的需求更改脚本的配置信息。
(4)如果您需要进行其他修改可参考如下命令:
参数 | 含义 |
---|---|
-J test | 指定作业名为abinit |
-p kshctest | 指定使用队列为kshctest |
-N 2 | 申请两个计算节点 |
--ntasks-per-node=32 | 每个节点使用32核 |
module purge | 清理当前环境,避免环境冲突 |
source ../scripts/env.sh | 加载使用的软件以及编译软件使用的环境 |
./Allrun | 并行运行命令 |
注意:
(1)确认环境变量、修改好脚本后保存退出,使用sbatch openfoam.slurm提交作业,并通过squeue查看作业的运行状态。
(2)任务完成后作业会自动结束,并在当前目录生成日志文件slurm-作业号.out或使用tail -f slurm-作业号.out实时查看。
(3)打开slurm-jobid.out查看作业的日志输出以及检查是否正常结束。
(4)另外可参考如下常用指令进行作业管理:
命令 | 含义 | 简单示例 |
---|---|---|
sbatch | 批量提交作业命令,后面跟脚本文件 | sbatch xxx.sh |
squeue | 查看目前提交作业的信息 | squeue(可显示作业号、作业状态等) |
salloc | 占用空闲计算资源命令 | salloc -p kshctest -N 1 -n 32 |
scontrol | 查看正在计算作业信息 | scontrol show job jobid |
scancel | 取消作业 | scancel jobid |
sacct | 查看历史作业 | sacct -j jobid -X -o elapsed,state,nodelist |
注意:请不要在登录节点(login)上直接运行作业计算(编译等日常操作除外),以免影响您的作业正常运行。